Tujuan utama penubuhan awal JAKOA adalah untuk melindungi masyarakat Orang Asli dan cara hidup mereka daripada kepesatan perkembangan tamadun dan eksplotasi masyarakat luar disamping menyediakan kemudahan dan bantuan pendidikan, kesihatan dan pembangunan sosioekonomi.

Perubahan nama kepada JAKOA telah memperluaskan lagi peranannya ke arah pembentukan masyarakat Orang Asli yang lebih progresif dan dinamik selari dengan Visi JAKOA iaitu, Organisasi penggerak yang unggul dalam memajukan masyarakat Orang Asli setanding masyarakat perdana.